上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为原上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。

九院总占地面积109亩，总建筑面积28万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工4979人。九院拥有5位中国工程院院士，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。